Usred opsežnog niza američkih i izraelskih raketnih udara na Iran, kao dio Operacije Epic Fury i Operacije Roaring Lion 28. veljače, neimenovani izraelski dužnosnik tvrdio je da je tijelo Hameneija pronađeno. Nekoliko sati ranije, iranski ministar vanjskih poslova Abbas Arakči izjavio je da su Khamenei i predsjednik Masoud Pezeshkian živi, koliko ja znam. Kasnije tog dana, američki predsjednik Donald Trump napisao je na Truth Social da je Hamnei ubijen.
Iranska državna televizija kasnije je potvrdila njegovu smrt oko 5 ujutro po IRST vremenu, nekoliko sati nakon Trumpove objave, s njegovom kćeri, zetom, snahom i unukom, što je potvrđeno 1. ožujka 2026. Mjesecima prije napada, CIA je pratila lokacije i obrasce kretanja Hamneija te saznala da će se održati sastanak viših dužnosnika s njegovim prisustvom. Prema Reutersu, Sjedinjene Države i Izrael pripremali su napade tako da se izvrše u trenutku kada bi Hamnei bio na sastanku sa svojim višim savjetnicima, od kojih je najmanje pet ubijeno s njim.
Prema dosad objavljenim izvještajima s međunarodnih medija i izvora, u napadu u kojem je ubijen Hamnei korišteno je oko 30 bombi koje su razorile rezidenciju.